Původní dřevěný kostel, který byl v roce 1516 na místě popraviště postaven na popud pražského měšťana Ondřeje Prachovce, zničili v roce 1634 Švédové (starali se o něj dva poustevníci). V letech 1665-1666 na jeho místě vyrostl zděný jednolodní raně barokní kostel s barokním inventářem. Josef II. nechal kostel v roce 1784 zrušit a jeho vybavení prodat v dražbě, již o několik let později však byl obnoven, byť jen jako hřbitovní kaple. V druhé polovině 19. století byl kostel, včetně interiéru, pseudogoticky upraven. Dekorativní průčelí kostela zdobí pseudogotický portál s reliéfem Nanebevzetí Panny Marie v tympanonu od Bohuslava Schnircha z roku 1898. Pseudogotická okna zdobí figurální malby a vitráže malíře Adolfa Liebschera. Novogotický oltář a kazatelnu vytvořil Josef Kastner s žáky. V letech 1921-1937 byl kostel propůjčen Církvi československé, která se poté přesunula do nového kostela v centru města. V roce 1964 byl kostel odsvěcen a převeden do majetku města Poděbrady